با توجه به اینکه فیزیوتراپی در بسیاری از اختلالات و بیماری های دستگاه عصبی – عضلانی – اسکلتی کاربرد دارد، اهداف فیزیوتراپی با توجه به نوع بیماری یا اختلال زمینه‌ای متفاوت است. به طور کلی اهداف فیزیوتراپی ممکن است در ارتباط با موارد زیر باشد:

• کاهش دردهای عضلانی و مفصلی
• تسریع در پروسه ترمیم بافتی
• بهبود دامنه حرکتی (ROM) مفاصل
• جلوگیری از ضعف و آتروفی عضلانی
• تقویت عضلات
• افزایش انعطاف پذیری
• استقلال هرچه سریع تر بیمار جهت برگشت به فعالیت های روزمره
• بهبود فعالیت دستگاه تنفسی
• افزایش کارایی دستگاه قلبی-عروقی
• و …